ما زال السبب الدقيق وراء الإصابة بمرض كرون غير معروف. في السابق، كان يُشتبه في النظام الغذائي والتوتر، لكن الأطباء يعرفون الآن أن هذه العوامل قد تفاقم المرض، لكنها لا تتسبب في مرض كرون. ومن المحتمل أن يكون لعديد من العوامل، مثل الوراثة وخلل الجهاز المناعي، دور في الإصابة به.
