في حالة لم ينجح العلاج، ولا تغيير نمط الحياة، ولا العلاج بالأدوية ولا الأدوية الأخرى في تخفيف أعراض المرض، فربما يقترح الطبيب القيام بالجراحة، وتقريباً سيحتاج ما يقارب النصف من المصابين بالمرض إلى جراحة واحدة على الأقل، والجراحة لا تقوم بعلاج مرض كرون. وأثناء الجراحة سيقوم الطبيب بإزالة الجزء التالف من الجهاز الهضمي، وسيقوم بإعادة توصيل الجزء السليم، وربما تستخدم الجراحة من أجل إغلاق الناسور والخراج. وتكون فوائد القيام بالعملية مؤقتة، وعادة ما يتكرر المرض مرة أخرى بالقرب من المنطقة المعاد وصلها، ويُعتبر الخيار الأمثل هو استخدام الأدوية بعد العملية من أجل تقليل خطر تكرار الأمر مرة أخرى.
