يمكن أن يتسبب مرض كرون بحدوث الناسور، لأنه في بعض الأحيان قد تمتد القرح خلال جدار الأمعاء الدقيقة، وبالتالي الإصابة بالناسور، وهو اتصال غير طبيعي بين أجزاء الجسم المختلفة، ويمكن أن ينشأ الناسور عن اتصال الأمعاء الدقيقة بالجلد، أو قد ينشأ بين الأمعاء الدقيقة وعضو آخر بالجسم، ويُعتبر الناسور الشرجي الأكثر انتشاراً.