يمكن أن يتسبب مرض كرون بانسداد الأمعاء، لأن مرض كرون يؤثر على سمك جدار الأمعاء الدقيقة، وبمرور الوقت يحدث ضيق لجزء من الأمعاء، والذي قد يتسبب في انسداد مجرى الجهاز الهضمي وحدوث انسداد الأمعاء، وهذا قد يتطلب عملية جراحية من أجل إزالة الجزء المصاب في الأمعاء.