السبب في حدوث مرض كرون غير معروف، ولكن قد تلعب بعض العوامل مثل الوراثة دوراً في تطور المرض، حيث من الممكن أن ينتشر المرض بصورة أكبر لدى العائلات، التي يكون بها أفراد مصابين بالمرض، لذا فقد تلعب الجينات دوراً في ارتفاع خطر الإصابة، ولكن أغلب المصابين بالمرض لا يوجد لديهم تاريخ عائلي للإصابة به.
