السبب في حدوث مرض كرون غير معروف، ولكن قد تلعب بعض العوامل مثل تلف جهاز المناعة دوراً في تطور المرض، حيث من الممكن أن يقوم واحد من الفيروسات أو البكتيريا بتحفيز الإصابة بمرض كرون، وعندما يحاول جهاز المناعة الخاص بك محاربة هذه الكائنات الدقيقة، قد يتسبب الأمر في حدوث استجابة غير طبيعية لجهاز المناعة أحياناً، فتقوم بمهاجمة خلايا الجهاز الهضمي أيضاَ.
