يهدف علاج الخثار الوريدي العميق إلى منع زيادة حجم الجلطة، ومنعها من التفتت، والتسبب في الإصابة بالانصمام الرئوي، ثم يصبح الهدف بعد ذلك تقليل فرص حدوث الخثار الوريدي العميق مرة أخرى. لهذا قد يصف الطبيب أدوية مثل مخففات الدم. أو مفتتات الجلطة. أو المرشحات.