إذا لم تتم معالجة التهاب الكلى على الفور، فهناك خطر حدوث مضاعفات خطيرة بما في ذلك: التهاب الحويضة والكلية الانتفاخي (EPN): هذا من المضاعفات القاتلة النادرة للغاية، وهي عدوى شديدة يتم فيها تدمير أنسجة الكلى بسرعة، وتطلق البكتيريا المسببة للعدوى غازات سامة تتراكم داخل الكلى مسببة الحمى والغثيان وآلام البطن والقيء والارتباك. حدوث خراجات الكلى: حيث يتراكم القيح في أنسجة الكلى في الخراجات، وتشمل الأعراض الدم في البول، وفقدان الوزن، وآلام في البطن، وفي بعض الأحيان تكون هناك حاجة لعملية جراحية لاستنزاف القيح. حدوث تسمم الدم أو تعفن الدم: وهو أيضًا أحد المضاعفات النادرة لالتهاب الكلى والتي تهدد الحياة، ويؤدي التسمم إلى انتشار البكتيريا من الكليتين إلى مجرى الدم، مما يؤدي إلى حدوث عدوى في أي جزء من الجسم بما في ذلك الأعضاء الرئيسية، وهي حالة طوارئ طبية وعادةً ما يتم وضع المرضى في وحدة العناية المركزة (ICU).
