لا تحتاج الكثير من حالات آفات الفم إلى العلاج وتزول تلقائياً بوقت قصير، ولكن يجب مراجعة الطبيب في الحالات التالية: تكرار الإصابة بالتقرحات بفترة قصيرة. نمو الشعر على آفات الفم. النزف الشديد والمتكرر وصعوبات البلع. تأخر التئام التقرحات. الإصابة بأعراض جسدية عامة مثل ارتفاع درجة الحرارة أو فقدان الوزن أو الإسهال. يعاني المصاب من ضعف جهاز المناعة. تعالج الحالة حسب سبب الإصابة، فبينما لا تحتاج الكثير من الحالات إلى العلاج، فقد يحتاج مرضى مرض كرونز إلى إجراءات علاجية مكثفة مثل تثبيط جهاز المناعة، أو استئصال أجزاء من الأمعاء المصابة. بينما يمكن استئصال الأورام السرطانية إذا اكتشفت مبكرًا.