في الغالب يكون السبب وراء التهاب الجيوب الأنفية هو وجود فيروس، والذي قد يستمر حتى بعد انتهاء أعراض الجهاز التنفسي العلوي الأخرى، ولكن في بعض الحالات قد تكون البكتيريا أو الفطريات النادرة سبب في حدوث عدوى الجيوب الأنفية، كما قد يكون لبعض الحالات الأخرى مثل الحساسية والأورام في الأنف أو الالتهابات في الأسنان دور في آلام وأعراض الجيوب الأنفية.
