تُعتبر الثعلبة من أمراض المناعة الذاتية، ويحدث هذا النوع من الأمراض نتيجة مهاجمة جهاز المناعة للخلايا السليمة والتعامل معها على أنها أجسام غريبة. وعادة ما يقوم جهاز المناعة الخاص بك بالدفاع عن الجسم ضد الأجسام الغريبة مثل الفيروسات والبكتيريا. وفي حالة الإصابة بالثعلبة، سيقوم جهاز المناعة الخاص بك بمهاجمة بصيلات الشعر، وبصيلات الشعر هي الجسم الذي ينمو منه الشعر، وبمرور الوقت تصبح الشعيرات أصغر وأصغر وتتوقف عن إنتاج الشعر، وبالتالي فقدان الشعر. ولا يعلم الباحثون السبب الرئيسي وراء تحفيز جهاز المناعة لمهاجمة بصيلات الشعر، لذا فإن السبب الحقيقي لهذه الحالة غير معروف. وتحدث الثعلبة غالباً لدى الأشخاص الذين لديهم سجل عائلي للإصابة بأمراض المناعة الذاتية مثل السكري النوع الأول والتهاب المفاصل الرماتويدي، ولهذا السبب يشك العلماء بأن العوامل الوراثية قد يكون لها دورها في الإصابة بالثعلبة.