إن السبب الرئيسي الدقيق للقولون العصبي غير معروف، ولكن يبدو أن هناك بعض العوامل التي تلعب دوراً هاماً، ومن هذه العوامل الجهاز العصبي
حيث من الممكن أن تكون هناك تشوهات في الأعصاب الموجودة في الجهاز الهضمي، ويمكن أن تسبب هذه التشوهات تجارب مؤلمة مع آلام القولون العصبي والانتفاخ.
