إن السبب الرئيسي الدقيق للقولون العصبي غير معروف، ولكن يبدو أن هناك بعض العوامل التي تلعب دوراً هاماً، ومن هذه العوامل تقلصات العضلات في الأمعاء: حيث تصطف جدران الأمعاء بطبقات من العضلات، تتقلص هذه العضلات أثناء نقل الطعام عبر الجهاز الهضمي، ويمكن أن تؤدي التقلصات عندما تكون قوية ومستمرة لفترة طويلة إلى الغازات والانتفاخ، والإسهال، كما أن ضعف وبطء هذه التقلصات يؤدي إلى الإمساك.
