على الرغم من كل الفوائد التي يحملها الملح الصخري للجسم كله، إلا أنه قد يتسبب أيضاً في بعض الأضرار الناتجة عن وجود شوائب سامة فيه، التي يمكن أن تتسبب في الإسهال والقيء، بالإضافة إلى أن بعض الأشخاص قد يعانون من الحساسية من الملح الصخري، مما يؤدي إلى ظهور طفح جلدي عند استخدامه على البشرة. في بعض الحالات أيضاً يمكن أن يؤدي استخدام هذا الملح إلى الإصابة بنقص اليود، حيث أن ملح الطعام يُضاف إليه عنصر اليود، على عكس ملح الهيمالايا الصخري، كما أن الاستهلاك الزائد لهذا النوع من الملح، يمكن أن يؤدي إلى ارتفاع ضغط الدم والإصابة بما يعرف بفرط كلوريد الدم، التي تؤدي إلى ضعف العضلات والإعياء.
