إن الإصابة بجرثومة المعدة يزيد من خطر الإصابة بالتهاب المعدة، وسرطان المعدة والقولون. وذلك لأن المعدة تحتوي على طبقة مخاطية تعمل على حمايتها من حمض المعدة. وعندما تهاجم بكتيريا الملوية البوابية تلك الطبقة، فأنها تترك جزء من المعدة معرض للحمض. وهو ما قد يؤدي إلى تهيج المعدة، وبالتالي زيادة خطر الإصابة.