السبب الدقيق للصداع العنقودي غير معروف، لكن أنماط الصداع العنقودي تشير إلى أن التشوهات في الساعة البيولوجية للجسم (المهاد) تلعب دورًا. وعلى عكس الصداع النصفي وصداع التوتر، لا يرتبط الصداع العنقودي عمومًا بالمحفزات، مثل الأطعمة أو التغيرات الهرمونية أو الإجهاد. وبمجرد بدء فترة عنقودية من الصداع، قد يؤدي شرب الكحول إلى حدوث صداع سريع، ولهذا السبب، يتجنب الكثير من الأشخاص الذين يعانون من الصداع العنقودي الكحول أثناء فترة الصداع. وتشمل العوامل المحتملة الأخرى استخدام الأدوية مثل النتروجليسرين، وهو دواء يستخدم لعلاج أمراض القلب.
