على الرغم من كون البابونج من الأعشاب المتداولة طبياً، والتي يفضلها الكثير لما لها من طعم ورائحة جميلة وفائدة كبيرة إلا أنه قد يكون هناك بعض الجوانب التي يجب الحرص منها كما يلي: يجب تجنبه في حالة الحساسية منه، ومضاعفاتها كضيق التنفس والطفح الجلدي، أو المشاكل الجلدية في حالة استخدامه موضعياً أو التهابات القرنية. الغثيان والقيء بسبب الشاي المصنوع من تركيز عال من البابونج. البابونج هو مانع طبيعي لتخثر الدم، لذلك يجب تجنب تناوله مع أدوية موانع تخثر الدم الأخرى والذي قد يسبب النزيف الداخلي. يجب الحذر بالنسبة للحوامل والمرضعات والأطفال، حيث لم يثبت مدى أمانه بالنسبة لهم.
