بمرور الوقت يمكن أن يتسبب مرض الذئبة الحمراء في تلف أي من الأجهزة الموجودة داخل الجسم، ومن المضاعفات التي قد تحدث: الجلطات الدموية أو التهاب الأوعية الدموية. التهاب القلب أو التهاب التامور. الأزمة القلبية. السكتة الدماغية. تغير في الذاكرة. تغير في السلوك. النوبات. التهابات الأنسجة الرئة والأنسجة المبطنة لها أو مرض ذات الجنب. التهابات الكلى. تناقص في قدرة الكلى على أداء وظيفتها. الفشل الكلوي. ومرض الذئبة الحمراء له تأثير سلبي على الجسم أثناء الحمل، ويمكن أن يتسبب في حدوث مضاعفات الحمل، وقد يؤدي إلى الاجهاض.
