يحدث التهاب الكلى من خلال دخول البكتيريا إلى مجرى البول والتكاثر في المثانة، مما يؤدي إلى الإصابة وحدوث العدوى، ثم تنتشر العدوى إلى الكليتين، وهناك عدد من الطرق التي تستطيع بها البكتيريا تحقيق ذلك، وتشمل: النظافة الشخصية بعد قضاء الحاجة فبعد الذهاب إلى المرحاض واستخدام ورق التواليت لتنظيف فتحة الشرج، قد يكون هناك اتصال لورق التواليت مع الأعضاء التناسلية، مما يؤدي إلى الإصابة بالعدوى التي قد تصل إلى الكلى، كما يمكن أن تدخل العدوى أيضاً عن طريق الشرج، وتحتل البكتيريا القولون وتسبب في نهاية المطاف عدوى في الكلى. استخدام قسطرة بولية لتصريف البول يزيد من خطر الإصابة بـعدوى المسالك البولية، وهذا يشمل التهاب وعدوى الكلى. الأفراد الذين يعانون من حصى الكلى لديهم مخاطر أكبر للإصابة بالتهاب الكلى. قد يعاني بعض المرضى الذين يعانون من ضعف الجهاز المناعي من عدوى بكتيرية أو فطرية على الجلد، والتي تصل في نهاية المطاف إلى مجرى الدم وتهاجم الكليتين.
