يعتمد علاج الفطر الاسود في العين بصورة أساسية على إعطاء المريض أدوية مضادة للفطريات عن طريق الوريد، ومن أشهر الأدوية الموصوفة هو أمفوتيرسين ب amphoteracin-B الذي يتم حقنه وريديًا، إضافة إلى أدوية أخرى. وتشير المصادر إلى احتمالية اللجوء للجراحة لإزالة الأنسجة المصابة، والميتة، والجلد التالف.
