لا يجب أن تأخذ ادوية جرثومة المعدة من تلقاء نفسك ويجب التأكد من الطبيب لكتابة الجرعات اللازمة لحالتك: يقوم الطبيب بإعطاء جرعات من المضاد الحيوي لمدة من أسبوع إلى أسبوعين، وقد تطول المدة أو تقصر حسب درجة الإصابة. بعد وصف الأدوية الأولى يقوم الطبيب بوصف مجموعة كاملة من الأدوية تسمى مثبطات مضخة البروتون، والتي تعمل على علاج قرحة المعدة وعسر الهضم. وقد يصف الطبيب كبسولات البروبيوتيك، التي تحافظ على البكتيريا النافعة الموجودة في المعدة، مما يعالج مشاكل الجهاز الهضمي مثل الإسهال.
