إذا لم يتم علاج جرثومة المعدة فقد تسبب بعض المضاعفات الآتية: تزيد من حموضة المعدة، بسبب تواجدها في السائل الحمضي للمعدة. تسبب التهابات المعدة والتهابات الأمعاء الدقيقة. تنتج الجرثومة سموم تؤثر على المعدة وتسبب فقدان الشهية. قد يتطور المرض إلى سرطان المعدة في حالات نادرة. قد تسبب الأنيميا بسبب ارتجاع المريء وعدم قدرة الجسم على امتصاص عنصر الحديد الموجود في الأطعمة.قد يتطور إلى انسداد صمام في القلب في حالات نادرة. وأخيرا، يجب أن تتبع طرق السلامة والوقاية من هذه الجرثومة لأنها قد تسبب فعلا الإزعاج وتجعلك تتوقف عن الكثير من الأطعمة التي تحبها فمعدتك لن تحتملها مرة أخرى، كما أن تركها بدون علاج مع الإهمال قد يؤدي لنتائج أكثر خطورة.