قد تتسلل بعض البكتيريا إلى المجرى البولي من خلال القناة التي تحوي البول (قناة مجرى البول)، وعندئذ تتكاثر البكتيريا وتكمل طريقها وصولًا للكليتين. وهذا يُعتبر السبب الأكثر شيوعًا لعدوى الكلى. وتنتشر العديد من البكتيريا، والتي تُسبب العدوى بأي مكان بالجسم، من خلال مجرى الدم حتى تصل للكليتين. على الرغم من أن حدوث هذا غير مألوف إلا أن الشخص الذي يمتلك مفصل صناعي أو صمام للقلب ويحدث لإحدهما عدوى، فإنه يتسبب في حدوث عدوى للكلى في تلك الحالة. ونادراً ما يحدث عدوى للكلى بعد جراحة أو عمليات جراحية للكلى.
