إذا لم يتم علاج عدوى الكلى، فإنه قد يُسبب حدوث مضاعفات خطيرة ومنها: حدوث ندوب بالكلى، وقد يؤدي ذلك إلى حدوث أمراض مزمنة بالكُلى، وارتفاع ضغط الدم، والفشل الكُلوي. تسمم الدم، حيث تقوم الكليتين بترشيح وتنقية جسدك من الفضلات، ولكن عند الإصابة فإنها تفقد تلك الخاصية، ويعود الدم الضار مرة أخرى لباقي الجسم، وهذا ما يمكن أن يؤدي إلى انتشار العدوى عبر مجرى الدم. مضاعفات الحمل، فإذا أصيبت سيدة أثناء الحمل بعدوى الكُلى، فإن هذا قد يتسبب في انجاب أطفال منخفضي الوزن بشكل غير طبيعي.
