سببه غير معروف وهناك نظريات مختلفة وعوامل عديدة ولكن حتى الان لايعرف سبب حقيقي للمرض.
وقد ظهر في السنوات الأخيرة افتراض بأن اللقاح الثلاثي (الحصبة والنكاف والجدري) قد يكون إلى حد ما سببا للتوحد ولكن لا يوجد إثبات علمي يدعم ذلك. يمكن أن يسري التوحد في بعض العائلات وخطر تأثر أخ أو أخت بالتوحد يصل إلى حالي واحد من كل عشرة. هناك بعض الحالات يكون فيها " التوحد " أكثر شيوعاً وهي تشمل تناذر داون وتناذر توريت والتصلب اللويحي.
